Автономная некоммерческая организация «Институт приграничного сотрудничества и интеграции» создана на базе научно-образовательного центра «Межрегионального приграничного сотрудничества» НИУ «БелГУ».
Научно-образовательный центр «Межрегионального приграничного сотрудничества» был создан в 2010 году, руководителем НОЦ «Межрегионального приграничного сотрудничества» был назначен доцент кафедры социальных технологий, к. социолог. наук Виктор Александрович Сапрыка.
Целью создания НОЦ «Межрегионального Приграничного Сотрудничества» НИУ «БелГУ» являлось развитие межрегионального и приграничного сотрудничества, информационно-аналитическая деятельность в сфере приграничного сотрудничества, разработка и реализация проектов и программ, организация и проведение конференций и семинаров.
Силами работников центра была разработана целевая программа «Развитие межрегионального и приграничного сотрудничества Белгородской области» на 2011-2016 годы, программа повышения квалификации по направлению «Управление проектами и программами межрегионального приграничного сотрудничества», были изданы 5 сборников научных статей по вопросам межрегионального сотрудничества, в течение 5 лет проводилась «Международная научная школа межрегионального приграничного сотрудничества», велась постоянная научно-исследовательская, аналитическая и образовательная работа.
Изменение социально-политической ситуации, развитие народной дипломатии и новые вызовы приграничному сотрудничеству, возникающие на постсоветском пространстве — предопределили изменение целей, задач, направлений работы и формы организации центра.
В этой связи в 2014 году на базе научно-образовательного центра была создана автономная некоммерческая организация «Институт приграничного сотрудничества и интеграции».
